Jedną z bardzo ważnych zalet działającej instalacji rekuperacji jest filtrowanie powietrza nawiewanego do pomieszczeń. Z uwagi na to, że w domach z rekuperacją rzadziej otwieramy okna mamy dodatkowy efekt mniejszego kurzu na meblach i podłogach. Mamy zatem nawiewane świeże powietrze, oczyszczone z pyłów filtrem powietrza. 

Trzeba tu wyraźnie zaznaczyć, że użytkując instalację rekuperacji musimy w sposób cykliczny wymieniać filtry w rekuperatorze. 

Filtry stosowane w rekuperatorach dzielą się na:

• zgrubne
• średnie
• dokładne

Ten podział wynika z nieobowiązującej już normy PN-EN 779:2012E w której mieliśmy 9 klas filtrów. Nowa norma PN-EN 16980-1:2017E dzieli filtry na 49 klas w zależności od ich skuteczności zatrzymywania pyłów ePM1, ePM2.5, ePM10 oraz ISO Coarse (zgrubne).

W praktyce nadal producenci, dystrybutorzy i firmy handlowe posługują się również starą klasyfikacją ze względu na to, że jest bardziej przejrzysta. Wg starej normy dzieliliśmy filtry na (wyższa cyfra oznacza bardziej dokładną filtracje powietrza): 

Filtry zgrubne:

• G1
• G2
• G3
• G4

 Filtry średnie:

• M5
• M6

Filtry dokładne:

• F7
• F8
• F9

Przy zastosowaniu filtrów dokładnych musimy się liczyć z ich częstszą wymianą w porównaniu do zgrubnych i średnich. Częstym rozwiązaniem jest zastosowanie podwójnej filtracji: pierwszy filtr jest filtrem zgrubnym, a za nim znajduje się filtr dokładny. Pozwala to na wydłużenie żywotności filtra dokładnego.