Obowiązkiem użytkownika instalacji rekuperacji jest regularna wymiana filtrów w rekuperatorze. Bez cyklicznej wymiany filtrów instalacja nie będzie działać dobrze lub wręcz czasami wcale.

Jedną z bardzo ważnych zalet działającej instalacji rekuperacji jest filtrowanie powietrza nawiewanego do pomieszczeń. Z uwagi na to, że w domach z rekuperacją rzadziej otwieramy okna mamy dodatkowy efekt mniejszego kurzu na meblach i podłogach. Mamy zatem nawiewane świeże powietrze, oczyszczone z pyłów filtrem powietrza.